Еден ден пред да почине, Меркјури му призна на светот дека е заразен со ХИВ, што во тоа време беше табу тема. Но, познатиот пејач во текот на животот имал уште многу тајни, а огромното мнозинство од нив ги знаела една жена. Мери Остин, неговата поранешна партнерка и љубов од неговите млади денови. Тие беа заедно во раните 70-ти и останаа заедно шест години.
Познато е дека Фреди бил бисексуалец, но и покрај сите мажи со кои спиел, тој никогаш не престанал да ја сака. Беа свршени додека еден ден тој конечно ѝ признал дека е бисексуалец.
„Беше огромно олеснување да го слушнам тоа од него. Чувствував како тежок товар е тргнат од мене. Уживав во фактот што можеше да биде искрен со мене. Се разбира, откако зборуваше за тоа, тој беше друга личност. Тој беше како личност што ја познавав во моите рани години“, рече таа во документарниот филм „Фреди Меркјури - Нераскажана приказна“ од 2000 година.
Мери остана покрај него и ги чуваше сите негови тајни, дури и најголемата. Имено, Фреди не сакал никој кога умрел да дознае каде е неговата урна со пепел, за никој да не му го уништи гробот, па таа тајна ѝ ја доверил на жената за која секогаш тврдел дека е љубовта на неговиот живот.
Мери никогаш не го изневерила. Што правела со неговата урна, не сакала да им открие ниту на неговите родители цели 33 години. Меркјури ѝ оставил имот во Лондон и 9 милиони фунти во кеш. Кога тој починал, таа имала здравствени проблеми и често била на суд поради наследството.
Пред да умре, тој ѝ рекол на Мери дека ќе ѝ остави сѐ и дека куќата ќе биде голем предизвик, иако таа тогаш не го сфатила тоа.
„Помислив: „О, Фреди, ти ме остави со толку многу товар“. Мислев дека не можам да се справам со тоа. Тој ме предупреди дека куќата ќе биде поголем предизвик отколку што сфаќав. Благодарна сум му што ме предупреди затоа што брзо се соочив со голема љубомора“, рече еднаш Мери, која тешко се справувала со неговата смрт.
"Кога умре, се чувствував како да го изгубив сопругот. Бевме заедно во сиромаштија, во богатство, во болести и во здравје. Единствениот начин да се разделиме беше смртта, па дури и тоа беше тешко", рекла таа.
Освен по богатата музичка кариера, Меркјури беше познат и по бурниот љубовен живот. Според неговите пријатели, тој бил во врска со стотици мажи. Многумина кои го познавале велат дека многу се плашел да остане сам, особено навечер. Тој самиот изјави дека неговото промискуитетно однесување всушност било обид да ја излечи осаменоста што го мачела и да ги залечи лузните што му ги оставиле врските. Беше склон кон секс без никаков емоционален ангажман. Уживаше во сексот заради секс, но му требаше и сигурност која доаѓа со стабилна врска, па постојано се трудеше да ги има и двете, што и самиот еднаш го призна.
„Сакам да имам сѐ. Сакам безбедност, но сакам и слобода“.
Тој секогаш ги држеше родителите на дистанца. Кон крајот на летото 1988 година, тој ги запознал со Џим Хатон, но имал измислена приказна за нив. Тој го претставил Хатон како свој градинар и му рекол дека ако го прашаат, треба да каже дека спие во Розовата соба. Родителите не се посомневале во таа приказна. Тие никогаш не ја коментирале природата на неговиот однос со Џим, кој често го возел на неговите неделни посети дома во следните месеци.
Хатон, кој е роден во Ирска во 1949 година, не го ни препознал Меркјури кога првпат се сретнале, а кога сфатил кој е тој, не бил премногу импресиониран. Средбата се одржала во еден клуб во 1985 година, а Хатон, кој во тоа време имал партнер, ја одбил понудата на Меркјури да му плати за пијалоците. Тие „кликнале“18 месеци подоцна, а по една година врска живееле заедно.
Со него останал до крајот на животот, а често велел дека тие двајца се сродни души. Хатон, исто како и Фреди, бил ХИВ позитивен и дознал во 1990 година. Тој починал во 2010 година.
Повеќето мажи кои Меркјури ги собрал, ги однел во својот стан на една ноќ, иако имал и неколку врски, кои биле бурни. Успешно се справувал со болеста до 1991 година. Живеел две или три години подолго од просечниот пациент со СИДА во тоа време.